El Consejo Permanente es el órgano ejecutivo ordinario, que asegura la continuidad del trabajo de la Conferencia.
Son miembros del Consejo Permanente:
- El Presidente de la Conferencia, que lo presidirá.
- Los dos (2) Vice-Presidentes de la Conferencia.
- El Secretario General, que es su Secretario.
- El Presidente del Consejo Económico.
- El Presidente de la Comisión de la Doctrina de la Fe.
- Tres (3) miembros elegidos por la Asamblea Plenaria en representación de las regiones de la Costa, Sierra y Selva.
- Tres (3) miembros restantes serán elegidos directamente por la Asamblea.
El Consejo Permanente se reúne ordinariamente, al menos cinco veces al año, fuera de las sesiones de la Asamblea.
Miembros del Consejo Permanente 2018-2020:
| Nro. | Nombre | Jurisdicción |
| 1 | Excmo. Mons. HÉCTOR MIGUEL CABREJOS VIDARTE, OFM | Arzobispo Metropolitano de Trujillo – Presidente de la CEP |
| 2 | Excmo. Mons. PEDRO RICARDO BARRETO JIMENO, SJ | Arzobispo Metropolitano de Huancayo – Primer Vicepresidente del CEP |
| 3 | Excmo. Mons. ROBERT FRANCIS PREVOST, OSA | Obispo de Chiclayo – Segundo Vice-Presidente de la CEP |
| 4 | Excmo. Mons. ÁNGEL FRANCISCO SIMÓN PIORNO | Obispo de Chimbote – Por la Costa |
| 5 | Excmo. Mons. JAVIER AUGUSTO DEL RIO ALBA | Arzobispo Metropolitano de Arequipa – Por la Sierra |
| 6 | Excmo. Mons. MIGUEL OLAORTUA LASPRA, OSA | Obispo Vicario Apostólico de Iquitos – Por la Selva |
| 7 | Excmo. Cardenal JUAN LUIS CIPRIANI THORNE | Arzobispo Metropolitano de Lima – Libre Elección |
| 8 | Excmo. Mons. SALVADOR PIÑEIRO GARCÍA-CALDERÓN | Arzobispo Metropolitano de Ayacucho – Libre elección |
| 9 | Excmo. Mons. CARLOS ENRIQUE GARCÍA CAMADER | Obispo de Lurin – Libre elección |
| 10 | Excmo. Mons. JORGE CARRION PAVLICH | Obispo de Puno – Presidente de la Comisión Doctrina de la Fe |
| 11 | Excmo. Mons. NORBERTO STROTMANN HOPE, MSC | Obispo de Chosica – Secretario General de la CEP |
| 12 | Excmo. Mons. ANTONIO SANTARSIERO ROSA, OSJ | Obispo de Huacho – Presidente del Consejo Económico |